Top of this page
Skip navigation, go straight to the content

Onderzoeksgroepen

Binnen onze vakgroep zijn de twee onderzoeksgroepen te onderscheiden, te weten Moleculaire Simulaties en Systeembiologie. Hieronder is voor beide gebieden aangeven welke onderwerpen aan bod komen. Let op: veelal is informatie alleen beschikbaar in de Engelse taal. Gebruik de taalwisselknop rechtsboven om van taal te wisselen.


Moleculaire Simulaties


Atomaire simulaties

Om beter inzicht te krijgen in de moleculaire processen die ten grondslag liggen aan de werking van medicijnen worden binnen onze groep atomaire moleculaire dynamics simulaties en docking gedaan. In samenwerking met MST wordt ook onderzoek verricht naar de werking van dendrimeren.

Coarse grained simulaties

Met behulp van coarse grained moleculaire dynamica simulaties worden onder andere de vorming en vervorming van bilagen, de vorming, fusie en splitsing van vesicles onderzocht. Ook wordt er gekeken naar modellen om eiwitcomplexen op een meer abstracte schaal te beschrijven, in samenwerking met City of Hope. Naast toepassingen wordt er ook onderzoek gedaan naar de theoretische achtergronden bij moleculaire simulaties en het onwikkelen van nieuwe simulatiemethoden.

Microtransport Systemen

Binnen het Microtransport Systemsinitiatief worden fundamenteel en toegepast ingestelde vakgroepen samengebracht met verschillende achtergronden, waaronder Technische Natuurkunde, Biomedische Technologie, Scheikundige Technologie en Werktuigbouwkunde. Het doel achter dit initiatief is het beter begrijpen van de processen die zich in kanalen van miniscule afmetingen afspelen, zoals bij microreactoren of microkoeltechnieken.


Systeembiologie


Metabole systeembiologie

Binnen deze onderzoeksgroep wordt vooral onderzoek gedaan naar het begrip van de dynamica en regulering in fysiologische systemen en processen. Er worden modellen ontwikkeld van verschillende fysiologische systemen en biologische processen. Deze modellen zijn veelal gebaseerd op kennis van de onderliggende mechanismen en worden vooral gekarakteriseerd door differentiaalvergelijkingen. Ook wordt er veel aandacht aan het schatten van parameters besteed.

Translationele systeem biologie

Computationele modellen en methodes worden ontwikkeld en toegepast in samenwerking met het bedrijfsleven en ziekenhuizen. In ons translationeel programma worden verschillende complexe ziektebeelden onderzocht. Dit is mogelijk door gelijkluidende wiskundige en computationele techieken toe te passen. Specifieke biologische kennis en experimenten worden bijgedragen door onze partners.

Systeem- en controletheorie

Theorien en methodes uit de systeem- en controletheorie worden toegepast om compleze biochemische netwerken te analyseren. In aanvulling daarop proberen wij de methodes aan te passen aan de specifieke eisen van de systeembiologie. Het goed schatten van parameters blijft echter een belangrijk probleem in het ontwikkelen van voorspellende modellen van biochemische netwerken.

Signaaltransductie netwerken

Onze groep neemt deel aan het door de Europese Unie gesponsorde onderzoeksproject Esignet (Evolving Cell Signaling Networks in Silico). Het doel achter dit project is het bestuderen van de computationele eigenschappen van cell-signaling-networks door middel van methoden bekend uit de evolutionaire informatica, en daarnaast deze kennis toe te passen om nieuwe netwerken te ontdekken.

Botsimulaties

Gedurende het hele leven van een mens wordt bot afgebroken en weer opgebouwd, met als belangrijkste doel de continu veranderende mechanische belasting het hoofd te bieden. Met behulp van computersimulaties, gebasseerd op eindige elementberekeningen, wordt onderzocht welke mechanismen ten grondslag liggen aan dit remodelleringsgedrag van bot.

Metabole netwerken

Verschillende soorten netwerken (metabole, signaaltransductie, eiwit-eiwit en genetische netwerken) spelen een cruciale rol in levende organismen. Daarom zijn gedurende de laatste jaren biologische netwerken steeds meer in de belangstelling komen te staan in de vakgebieden van Systeembiologie en Bioinformatica. In dit kader wordt binnen onze groep onderzoek verricht aan zowel de statische als dynamische eigenschappen van biologische netwerken.

Neurale netwerken

In tegenstelling tot computers zijn mensen erg goed in patroonherkenning en werken met onvolledige data. Binnen het onderzoek van neurale netwerken worden de biologische neuronen vervangen door een eenvoudig artificieel neuron. De werking van deze complete netwerken van artificiele neuronen en hun vermogen tot patroonherkening en dergelijke, zijn de belangrijkste onderdelen binnen dit onderzoek.